GPN Starの位置づけ
GPN-Starは、古典的な比較ゲノム学とTransformer型のゲノム言語モデルを統合した新しい研究です。phastConsからDeepSEA、Enformer、AlphaGenome、Evo 2に至る機械学習ゲノム研究の進化を振り返…
タグ「Drug-Discovery」の記事
AlphaGenome Atlasの位置づけ
AlphaGenome Atlasは、約90億通りの一塩基置換が遺伝子機能に及ぼす影響を予測した全ゲノム規模のデータベースです。DeepSEAからEnformer、Borzoi、AlphaGenomeへと続く機械学習ゲノミクスの進化を振り…
MPRAの位置づけ
ゲノム解析における機械学習は、DNA配列の特徴抽出から、遺伝子発現の予測、さらには制御配列の設計へと進化しています。本記事では、大規模MPRA研究を中心に、DeepSEA、Enformer、AlphaGenomeなどとの関係を整理し、生体…
EvoDiffの位置づけ
タンパク質生成AIの研究史において、EvoDiffはどのような位置を占めるのでしょうか。DeepSequence、ProGen、RFdiffusionから、DPLM、ESM3、BoltzGenなどの最新研究までをたどりながら、配列ベースの…